Монографии
1. Гуков А. Ю. Экосистема Сибирской полыньи. М., Научный мир,1999.,334 с.
2. Гуков А. Ю. Гидробиология устьевой области реки Лены.2001.М.,Научный мир.288 с.
3. Гуков А. Ю., Софронов Ю.Н., Якшина И.А., Гукова Н.В. Усть-Ленский заповедник. Ульяновск, Ульяновский дом печати. 2007.160 с.
4. Гуков А. Ю. Таинственная Якутия, М., Принтком, 2010. 344 с.
Статьи, опубликованные в ведущих научных журналах и изданиях
5. Гуков А. Ю. Донные биоценозы губы Буор-Хая //Океанология.-1989.-Т.ХХIХ .-N 2.-С.316-317.
6. Гуков А. Ю. Фауна фораминифер Янского залива моря Лаптевых.//Биология моря,1990 .-N.3.-С.59-60
7. Гуков А. Ю. Зообентос термокарстовых озер пойменных участков Оленёкской протоки дельты р.Лены.//Гидробиол.журн.-.-1990.- Т.26.-N 2.-С.21.
8. Гуков А. Ю. О донной фауне Янского залива моря Лаптевых//Океанология, 1991.-Т.31.-N.3.- C.454-456.
9. Гуков А. Ю. К изучению донной фауны Анабарского залива моря Лаптевых// Океанология,1992.-Т.32.- N.3.-С.506-509.
10. Гуков А. Ю. Донные биоценозы моря Лаптевых в зоне влияния материкового стока //Гидробиол.журн.- 1992.-Т.28.--N. 5.-С.3-6.
11. Cидоров И.С., Гуков A.Ю. Влияние кислородного режима на условия существования зообентоса в прибрежной части моря Лаптевых //Океанология,1992.-Т.32.-Вып.5.-С. 902-904.
12. Гуков А.Ю. Рост и продукция популяций массовых видов двустворчатых моллюсков в бухте Тикси моря Лаптевых//Океанология,1994.-Т.34.- вып. 2.-С.259-261.
13. Гуков А.Ю. Донные зооценозы и оценка экологического состояния Нижней Колымы. Гидроб.журн.1995. т.31,вып.4, с.10-16.
14. Гуков А.Ю. Экологический мониторинг в районе Ленской полыньи . Природа .-1995.-N 4.-C.25-30.
15. Гуков А.Ю. Донные биоценозы морской акватории заповедника "Лена-Дельта" // Биология моря, 1996.-Т.22.-N 4.-С.267-270
16. Гуков А.Ю. Распределение донных биоценозов в Оленёкском заливе моря Лаптевых.//
Океанология, 1997.-Т.37.-N 1.-C.113-114.
17. Гуков А.Ю. Особенности распределения трофических группировок бентоса в море Лаптевых.// Океанология-1998-т.38.-N 5.-C.734-741.
18. Гуков А.Ю., Горохов Д.Н. Опыт и перспективы экологического мониторинга в арктической зоне Якутии// Охрана дикой природы, N 3,1999., С.31-33.
19. Ceмилетов И.П., Пивоваров Н.Я., Пипко И.И., Гуков А.Ю., Волкова Т.И., Шарп Дж.Х., Щербаков Ю.С., Фёдоров К.П. О динамике растворённых СН4 и СО2 в дельте реки Лены и море Лаптевых//Докл.АН.1996. Т.350.,N 3.,C.406-409.
20. Гуков А.Ю., Тищенко П., Семилетов И.П., Попов В.В., Шапкин С.Н. Особенности распределения биомассы зообентоса в верхней сублиторали юго-восточной части моря Лаптевых.// Океанология,
1999. -Т.39.-N. 3 .-С.406-411.
21. Гуков А.Ю., Антонов М., Талденкова Е.Е., Шмид М.К. Особенности фациального распределения макробентоса у кромки припайного льда.// Океанология, 2001 ,Т.41, N 3. С.414-421.
22. Цыбульский А.И., Гуков А.Ю., Афанасьев С.А. О гидробиологическом режиме дельты р.Лены// Гидробиол.журн.-.-2001.- Т.37.-N 4.-С. 3-10.
23. Гуков А.Ю., Дударев О.В., Семилетов И.П., Чаркин А.Н., Горшкова Я.С. Особенности распределения биомассы макробентоса и донных биоценозов в южной части Восточно-Сибирского моря // Океанология, 2005.-Т.45.-N. 6 .-С.889-896.
24. Гуков А.Ю. Результаты мониторинга донных биоценозов Новосибирской полыньи.//Океанология, 2011.-Т.51.-N 3.-C.471-477.